Leczenie kanałowe jest dosyć skomplikowanym zabiegiem, zwłaszcza jeśli jest przeprowadzane na zębach trzonowych z powykrzywianymi korzeniami zębowymi i zawsze istnieje ryzyko wystąpienia różnych powikłań. Nie jest to jednak powód do tego aby rezygnować z leczenia kanałowego, ponieważ w wypadku zaawansowanych stanów chorobowych jedyną dla niego alternatywą jest usunięcie zęba.
Powikłania i komplikacje mogą wystąpić zarówno w trakcie leczenia kanałowego jak i po jego zakończeniu. W trakcie leczenia może m.in. nastąpić brak możliwości opracowania kanału w całości ze względu na zmniejszenie jego światła wskutek zwapnienia . Częste są również perforacje czyli przedziurawienia ścian kanału. Podczas zabiegu zdarza się także, że narzędzie zostanie złamane w kanale zębowym podczas próby jego oczyszczenia lub wypełnienia. Czasem podczas leczenia występuje także ból, obrzęk czy nawet ropień. Zdarzają się również złamania koron zębowych zwłaszcza w bardzo zniszczonych zębach. Czasem także materiał wypełniający zostanie przepchnięty poza wierzchołek korzenia. Zwykle powoduje to przejściowe dolegliwości bólowe. Jeśli natomiast poza wierzchołek korzenia zostanie przepchnięty płyn do płukania kanałów konieczne może okazać się zastosowanie antybiotyków.
Poza tymi powikłaniami, które mogą pojawić się bezpośrednio podczas leczenia kanałowego są także takie, które pojawiają się dopiero jakiś czas po jego zakończeniu. Jednym z nich jest np. ból spowodowany przepchniętym do wnętrza zatoki szczękowej materiałem. Kolejnym powikłaniem, które może wystąpić nawet jakiś czas po zakończeniu leczenia jest brak zagojenia zmian okołowierzchołkowych.
Z wszystkimi tymi powikłaniami wykwalifikowani stomatolodzy i protetycy bez problemu sobie poradzą. Chirurg stomatologiczny nie będzie więc konieczny. Nie należy zatem rezygnować z tego rodzaju leczenia ze strachu przed powikłaniami. Tym bardziej, że nieleczone stany zapalne miazgi mogą prowadzić do znacznie poważniejszych komplikacji z zapaleniem wsierdzia włącznie. Natomiast często jedyną alternatywa dla leczenia kanałowego jest usunięcia zęba. W przypadku trudnych do leczenia ósemek często je po prostu usuwa, ponieważ to z nimi jest najwięcej komplikacji. Ich leczenie wykonuje się tylko jeśli usunięte zostały już pozostałe zęby trzonowe czyli piątka i szóstka lub jeśli ósemka została przewidziana jako filar mostu protetycznego. W pozostałych przypadkach ryzyko związane z komplikacjami przy leczeniu kanałowym jest tak małe, że warto je podjąć aby uratować ząb i piękny uśmiech.
